Cycles supérieurs Bio-informatique

Le Département de biochimie et médecine moléculaire offre des programmes de niveau maîtrise et doctorat dans chacune des disciplines de la biochimie et de la bio-informatique. Les 32 professeurs du département et les 59 professeurs accrédités et associés acceptent des étudiants continuellement (postes disponibles), un bassin riche d’expertise pour votre formation en recherche biomédicale et fondamentale. Présentement, nos professeurs dirigent 90 étudiants à la maîtrise et 116 étudiants au doctorat, nos programmes sont effectivement ceux qui ont le plus d’inscriptions en biochimie et en bio-informatique au Québec. Nos étudiants œuvrent au Pavillon Roger-Gaudry et dans différents centres et instituts de recherche de l’Université (Institut de recherche en immunologie et cancérologie IRIC, Institut en recherches cliniques IRCM, Hôpital Ste-Justine, Centre de recherche du CHUM, Institut de cardiologie ICM, Hôpital Maisonneuve-Rosemont HMR et Institut de recherche en biotechnologie IRB).

Maîtrise et doctorat en Bio-informatique

La bio-informatique offre une formation bi-disciplinaire combinant les biosciences et l’informatique. Les programmes de maîtrise et de doctorat en bio-informatique visent un approfondissement des connaissances en bio-informatique dans une de ses spécialisations. Le cheminement avec recherche a pour but l’apprentissage de la réalisation d’une recherche indépendante et la rédaction d’un mémoire. Le cheminement avec stage a pour but la familiarisation avec les exigences du marché du travail incluant la rédaction d’un rapport de projet.

Présentation, objectifs et forces
En 2001, l’Université de Montréal a été est la première université au Canada à offrir une formation de 1er cycle intégrant la génomique et l’informatique. En 2002, s’ajoutaient les programmes des cycles supérieurs. Depuis, l’Université de Montréal demeure la seule à offrir des programmes à tous les niveaux en bio-informatique. Les programmes ont été conçus par Gertraud Burger (Biochimie) en collaboration avec Nadia El-Mabrouk (Informatique et Recherche Opérationnelle) et avec des contributions d’autres membres des départements. La mise en place a pu être accomplie grâce au grand soutien de M. Bouvier, directeur du Département de biochimie en 2001. Nous tenons également à remercier la DGTIC (Direction générale des technologies de l’information et des communications) qui accorde son soutien informatique à tous nos programmes.

Maîtrise en bio-informatique

Objectifs

Le développement récent et rapide de la génomique a mis en évidence l’importance cruciale de développer de nouvelles approches et méthodes analytiques pour explorer la quantité massive de données biologiques générées. Ce développement a donc suscité une collaboration de plus en plus étroite entre les spécialistes des sciences de la vie et ceux de l’informatique. Autant pour répondre aux besoins des secteurs médicaux, biotechnologiques ou pharmaceutiques qu’à ceux du milieu académique, ainsi qu’aux enjeux environnementaux, il est devenu essentiel de former des spécialistes capables d’intégrer les connaissances issues des biosciences et de l’informatique.
Au moyen de cours avancés, les études au niveau de la maîtrise visent un approfondissement des connaissances en bio-informatique ainsi qu’une spécialisation dans un de ses domaines. Le cheminement avec recherche a pour but l’apprentissage de la réalisation d’une recherche indépendante et la rédaction d’un mémoire. Le cheminement avec stage a pour but la familiarisation avec les exigences du marché du travail incluant la rédaction d’un rapport de projet.

Doctorat en bio-informatique

Objectifs

Le développement récent et rapide de la génomique et de la protéomique a mis en évidence l’importance cruciale de développer de nouvelles approches et méthodes analytiques pour explorer la quantité massive de données biologiques générées. Ce développement a donc suscité une collaboration de plus en plus étroite entre les spécialistes des sciences de la vie et ceux de l’informatique. Autant pour répondre aux besoins des secteurs biotechnologiques, pharmaceutiques qu’à ceux du milieu académique ainsi qu’aux enjeux environnementaux, il est devenu essentiel de former des spécialistes capables d’intégrer les connaissances issues des biosciences et de l’informatique. Les études au niveau du doctorat visent l’intégration de l’étudiant dans le domaine de la recherche actuelle. Elles reposent essentiellement sur la rédaction d’une thèse faisant avancer la science bio-informatique.

Forces

  • La rédaction d’une thèse faisant avancer la science bio-informatique.
  • Faire partie d’un nombre limité d’experts dans un domaine faisant appel à la fois aux connaissances issues des biosciences et de l’informatique.
Modalité d'inscription

Modalité d’inscription (MSc, PhD)

Le Département offre des programmes d’études supérieures de maitrise et de doctorat en biochimie et en bio-informatique. Les étudiants intéressés par les programmes de maîtrise avec mémoire et de doctorat doivent trouver un professeur qui accepte de les superviser durant leurs études et de les guider dans leurs travaux de laboratoire. Vous pouvez faire votre demande d’inscription aux programmes avant de trouver un superviseur. Cependant, votre inscription au programme sera conditionnelle au fait d’identifier un superviseur avant le début du programme. Les étudiants au programme de maîtrise avec stage n’ont pas à identifier de superviseur au début du programme.

Pour trouver un superviseur pour vos études, vous pouvez en tout temps contacter les professeurs dont les sujets de recherche vous intéressent. Un CV et une lettre de motivation personnalisée préparée avec soin sont un excellent premier contact. La participation aux activités de recrutement du Département telles que le Symposium de recherche, les activités Portes Ouvertes et/ou les Soirées Études Supérieures vous permettent également de connaître les activités scientifiques au Département et de discuter avec des professeurs et leur faire part de vos intérêts.

Nous tenons aussi un site dans lequel les professeurs peuvent afficher leurs offres de supervision. Mais il faut prendre pour acquis que la plupart des postes disponibles se comblent à l’avance lors de vos rencontres avec les superviseurs et de ce fait ne sont que rarement affichés.

Postes aux 2e et 3e cycles

Personnes ressources
Sebastian Pechmann
Professeur adjoint
Pavillon Roger-Gaudry, bureau H-307-21
T 514 343-6720
sebastian.pechmann@umontreal.ca
Elaine Meunier
TCTB – 2e-3e cycles
Pavillon Roger-Gaudry, D-353
T 514 343-6111, poste 5191
elaine.meunier@umontreal.ca
Audrey Noël
Coordonnatrice de stages et des programmes
Pavillon Roger-Gaudry, C-311
T 514 343-6111, poste 42529
audrey.noel@umontreal.ca
Marie Pageau
Responsable de laboratoires informatiques
Pavillon Roger-Gaudry, M-535-7
T 514 343-6111, poste 3144
marie.pageau@umontreal.ca

Chercheurs impliqués en bio-informatique
A-D

Guillaume Bourque
McGill University and Genome Quebec Innovation Center

Gertraud Burger
Biochimie et médecine moléculaire

  • Génomique comparative
  • Développement d’outils d’analyse de séquences
  • Bases de données biologiques intégrées

Serguei Chteinberg
Biochimie et médecine moléculaire

  • Prédiction de structures secondaires d’ARN
  • Interactions moléculaires

Antonio Ciampi
Épidémiologie, biostatistique et de santé au travail, McGill U.

  • Analyse de grands ensembles de données en épidémiologie clinique et l’épidémiologie
  • Classification en biostatistique
  • Qualité des études de la vie
  • Modélisation mathématique en biostatistique

Patricia Conrod
Psychiatrie

  • Développement des psychopathologies

Santiago Costantino
Génie biomédical

  • Développement de méthodes laser permettant de visualiser et de concevoir des micro-environnements artificiels pour des applications en biologie cellulaire.
  • Fabrication de multicomposantes et de patrons protéiques tridimensionnels.
  • Développement d’algorithmes d’analyse d’images pour des expérimentations d’imagerie à haut débit.

Miklós Csűrös
Informatique et recherche opérationnelle

  • Méthodes phylogénétiques
  • Méthodes basées sur les modèles de Markov

Christian Descheppers
Médecine

  • Maladies cardiovasculaires

Luc Desgroseillers
Biochimie et médecine moléculaire

  • Contrôle de l’expression des gènes
  • Dynamique cellulaire des macromolécules
  • Signalisation cellulaire

Christine Des Rosiers
Nutrition

  • Métabolisme des nutriments
  • Maladies cardiovasculaires
  • Maladies mitochondriales
  • Métabolomique

Marie-Pierre Dubé
Médecine

  • Épidémiologie génétique
  • Études méthodologiques en statistiques de génétique
E-K

Nadia El-Mabrouk
Informatique et recherche opérationnelle

  • Recherches de structures d’ARN
  • Génomique comparative
  • Algorithmique

Simon Gravel
Human Genetics, McGill U.

  • Génomique et génétique des populations

Michael Hallett
Computer sciences, McGill U.

  • Bio-informatique et biologie computationnelle
  •  » Machine Learning « 
  • Analyse probabiliste des algorithmes

Sylvie Hamel
Information et recherche opérationnelle

  • Arbres et structure secondaire d’ARN

Pavel Hamet
Médecine et spécialités médicales

  • Épidémiologie de l’hypertension et de la dyslipidémie
  • Interactions gènes-environnement

Mohmed Hijri
Sciences biologiques

  • Génétique moléculaire
  • Génomique et évolution des champignons mycorhiziens arbusculaires
  • Génomique environnementale et biodiversité microbienne du sol

Trang Hoang
Pharmacologie et physiologie

  • Cellules souches hématopoïétiques multipotentes
  • Formes aiguës de leucémie

Julie Hussin
Médecine

  • Pharmacogénomique
  • Génomique et apprentissage profond
  • Génomique cardiovasculaire et reproductive
L

Damian Labuda
Pédiatrie

  • Phylogénies moléculaires des hominidés
  • Génétique des populations

B. Franz Lang
Biochimie et médecine moléculaire

  • Évolution de la structure génomique
  • Mécanismes d’expression des gènes
  • Base de données biologiques intégrées

François-Joseph Lapointe
Sciences biologiques

  • Méthodes statistiques en phylogénie
  • Combinaison d’arbres phylogénétiques

Éric Lécuyer
Biochimie et médecine moléculaire

  • Biologie des ARN

Pascale Legault
Biochimie et médecine moléculaire

  • Spectroscopie de résonnance magnétique nucléaire (RMN)
  • Biologie structurale de l’ARN et d’autres macromolécules
  • Contrôle de l’expression des gènes

Pierre Legendre
Sciences biologiques

  • Écologie numérique

Sébastien Lemieux
Biochimie et médecine moléculaire

  • Bio-informatique structurelle des ARN
  • Analyse de données de puces à ADN

Guillaume Lettre
Médecine

  • Génétique des maladies cardiovasculaires
  • Comprendre la cardiomyopathie familiale
  • Hétérogénéité clinique et anémie falciforme
  • Apprivoiser les données épigénomiques
M-P

Sylvie Mader
Biochimie et médecine moléculaire

  • Protéomique
  • Contrôle de l’expression des gènes
  • Signalisation cellulaire
  • Biologie du développement
  • Sénescence et cancer

François Major
Informatique et recherche opérationnelle

  • Modélisation de la structure tridimensionnelle de petits ARNs

Anne Marinier
IRIC

  • Chimie médicinale

Jean Meunier
Informatique et recherche opérationelle

  • Analyse et traitement d’images
  • Vision numérique
  • Reconnaissance de formes
  • Applications médicales

Stephen Michnick
Biochimie et médecine moléculaire

  • Outils expérimentaux et informatiques pour définir les fonctions des gènes

Normand Mousseau
Physique

  • Développement algorithmique
  • Simulation et modélisation de la dynamique et du repliement des protéines

Alejandro Murua
Mathématiques et statistique

  • Applications de la statistique et de la probabilité aux problèmes traitant de la bio-informatique, du forage de données et de l’apprentissage-machine

Rafaël Najmanovich
Pharmacologie et physiologie

Sebastian Pechmann
Biochimie et médecine moléculaire

  • Vue systémique de l’homéostasie des protéines
  • Du haut débit à la vision mécaniste
  • Reconstruction de réseaux cellulaires à partir de données génomiques
  • Cibler les maladies liées au mauvais repliement des protéines

Joelle Pelletier
Chimie

  • Déterminants de l’activité enzymatique
  • Analyses probabilistiques des expériences et résultats

Claude Perreault
Médecine

  • Fonctionnement du système immunitaire

Jonathan Perreault
Centre INRS–Institut Armand-Frappier

  • Régulation des gènes par des ARN non-codants chez les bactéries
  • Sélection d’ARN ayant des propriétés de récepteurs
R-Z

John D. Rioux
Médecine

  • Génétique et médecine génomique de l’inflammation

Nicolas Rodrigue
Maths & stat, U. Calgary

  • Modélisation bayésienne de l’évolution moléculaire
  • Chaîne de Markov et modèle de Monte Carlo

Mark Samuels
Médecine

  • Maladies métaboliques et génétiques au Québec (MGQ)

Andreea Schmitzer
Chimie

  • Déterminants de l’activité enzymatique
  • Analyses probabilistiques des expériences et résultats

Adrian Serohijos
Biochimie et médecine moléculaire

  • Dynamique microbienne évolutive
  • Évolution moléculaire et protéique
  • Biologie structurale computationnelle et bio-informatique

Daniel Sinnett
Pédiatrie

  • Évolution moléculaire du cancer

Jesse Shapiro
Sciences biologiques

  • Génomique microbienne évolutive

Jurgen Sygusch
Biochimie et médecine moléculaire

  • Analyse structurale des macromolécules
  • Signalisation cellulaire

Pierre Thibault
Chimie

  • Spectrométrie de masse
  • Protéomique
  • Signalisation cellulaire

Marcel Turcotte
Faculty of Engineering, U. Ottawa

  • Bio-informatique et biologie computationnelle
  • Conception d’algorithmes et structures de données
  • Apprentissage machine appliquées et intelligence informatique

Lan Xiong
Psychiatrie

  • Génétique
  • Schizophrénie
  • Autisme

Daniel Zenklusen
Biochimie et médecine moléculaire

  • Analyse de l’expression des gènes